《经费管理办法》共分以下七个章节内容：

　　（一）总则，包括《经费管理办法》制定依据、适用范围、项目经费形式、管理原则等。

　　（二）职责与分工，包括明确市科技局、市财政局、项目实施管理单位、项目承担单位、项目负责人（首席专家）职责等。

　　（三）项目经费支出范围，包括明确项目经费由直接费用和间接费用两部分组成，对各预算科目会计核算内容做出相应的定义。

　　（四）项目经费预算编制与审批，包括项目经费预算编制要求、项目经费预算评审和审批规定、经费包干制等。

　　（五）项目经费使用管理，包括项目经费会计核算、支付结算、科研仪器设备采购、项目经费报销、“负面清单”、结转结余管理、包干制项目管理等

　　（六）绩效管理与监督检查，包括改进科研绩效管理，强化项目经费监督检查，增强监督合力以及对经费管理使用中出现问题的处理方式。

　　（7）附则，包括明确解释部门、生效时间以及办法有效期等。