被审计单位负责审计查出问题的整改，审计机关负责检查被审计单位的整改情况。根据审计相关法律法规以及《国务院关于加强审计工作的意见》（国发〔2014〕48号）的规定，承担审计整改主体责任的是被审计单位，各被审计单位的主要负责人是整改第一责任人。审计机关的履行的主要是整改检查职责，具体来说，就是审计机关在本级党委政府和上级审计机关的领导下，对被审计单位及其主管部门纠正查出问题、执行审计决定、落实审计处理意见和建议情况进行监督检查。